Scrat, yine asla sahip olamadığı meşe palamudunun ve belki de aşkın peşinden koşarken, Manny ve Ellie mutlu bir bekleyiş içindedir; çünkü minik mamut yavrularının doğması an meselesidir. Miskin Sid ise, bulduğu dinozor yumurtalarından çıkan yavrularla kendine geçici bir aile kurar, ancak bu yeni "aile" Sid için pek de iyi sonuçlar doğurmayacaktır. Kılıç dişli kaplan Diego, arkadaşlarıyla olan ilişkisini sorgularken, onların yanında daha yumuşak tavırlar sergileyip sergilemediğini düşünür. Sid’i başına aldığı belalardan kurtarmak için yola çıkan ekip, birden kendilerini gizemli bir yeraltı dünyasında bulur. Burada karşılarına çıkan dinozorlar, aklını kaçırmış gibi görünen çeşitli hayvan türleri ve yepyeni bitki örtüsü ile tanışırlar. Ancak, tüm bu tehlikelerin ortasında, tek gözlü, acımasız dinozor avcısı Buck ile tanışmak zorunda kalırlar. Eğlence ve heyecan dolu bu macera, hem dostluğu pekiştirecek hem de kahkahalarla dolu anlara sahne olacaktır.
